Recent Changes

Thursday, April 11

  1. 2:03 am
  2. 2:03 am
  3. 2:03 am
  4. user_add tawkir tawkir joined bio-bio-1
    2:03 am
  5. 2:03 am
  6. 2:03 am
  7. 2:03 am

Tuesday, March 5

  1. page Install Modeller in Ubuntu edited মডেলার হোমোলজি মডেলিঙের জন্য বহুল ব্যাবহৃত একটি টুল। সুইস মডেলের মতো চমৎকার সার্ভার (যেখানে ক্লিক …
    মডেলার হোমোলজি মডেলিঙের জন্য বহুল ব্যাবহৃত একটি টুল। সুইস মডেলের মতো চমৎকার সার্ভার (যেখানে ক্লিক দিয়ে দিয়ে হোমোলজি মডেলিঙ করা যায়) থাকার পরেও আমরা মডেলার ব্যাবহার করবো। কারণ:
    - এখানে কাজ করার জন্য স্বাধীনতা অনেক বেশি। বিভিন্ন প্যারামিটার ইচ্ছেমতো সেট করা যায়।
    - সুইস মডেল সার্ভারে একটি প্রজেক্ট সাবমিট করার পর দীর্ঘক্ষণ অপেক্ষা করতে হয় কিউতে, কখন প্রজেক্ট শেষ হবে। অন্যদিকে মডেলার নিজের মেশিনে দ্রুত কাজ করে ফেলা যায়।
    - যেহেতু মডেলার পাইথনে কোড লিখে ব্যাবহার করতে হয়, তাই পাইপলাইনিঙ করা সম্ভাব। পাইথনে একটা স্ক্রিপ্ট লিখে সেটাকে আরো দশটা স্ক্রিপ্টের সাথে জুড়ে দিয়ে বারবার ব্যাবহার করা যায়।
    তৃতীয়টাই হলো মডেলার ব্যাবহারের আসল কারণ। আমরা যেহেতু গ্যালাক্সীতে ওয়ার্কফ্লো তৈরি করে কাজ করবো, সেহেতু মডেলার আমাদের জন্য উত্তম সমাধান।
    গ্যালাক্সী উইন্ডোজের জন্য নেই। তাই লিনাক্স ভিত্তিক অপারেটিং সিস্টেমে (যেমন উবুন্টু, মিন্ট ইত্যাদি) মডেলার ইন্সটল করবো অামরা। নিচে উবুন্টুতে (বা উবুন্টুভিত্তিক ডিস্ট্রিবিউশনে) মডেলার ইন্সটলের পদ্ধতি বর্ণনা করা হলো। উল্লেখ্য এই পদ্ধতি মডেলারের সাম্প্রতিক ৯.১১ ভার্সনের জন্য।
    ১. প্রথমে এখান থেকে (http://salilab.org/modeller/download_installation.html) মডেলারের ডেবিয়ান প্যাকেজ নামিয়ে নিতে হবে।
    ২. এরপর টার্মিনাল খুলে যেখানে প্যাকেজটি ইন্সটল করা হয়েছে সেখানে যেতে হবে। ধরুন আপনি Downloads ডাইরেক্টরীতে প্যাকেজটি নামিয়েছেন। সেক্ষেত্রে কমান্ড দিতে হবে: $ cd /Downloads
    ৩. এবার ইন্সটলেশনের জন্য কমান্ড দিতে হবে। ডাউনলোড প্যাকেজটির নাম যদি হয় modeller_9.11-1_i386.deb, তবে অনুরূপ কমান্ড দিন: $ sudo dpkg -i
    modeller_9.11-1_i386.deb
    ৪. এই কমান্ডটি আপনার পাসওয়ার্ড চাইবে, পাসওয়ার্ড দিন। সবকিছু ঠিক থাকলে প্যাকেজটি ইন্সটল হয়ে যাবে।
    ৫. এবার রেজিস্ট্রেশনের পালা। মডেলার ৮ ও ৯ এর জন্য লাইসেন্স কোড হলো MODELIRANJE। এই কোড জায়গামতো বসানোর জন্য প্রথমে নিচের কমান্ড লিখুন: $ sudo nautilus
    ৬. এবার খুব সতর্ক হয়ে কাজ করতে হবে। নটিলাস মানে উবুন্টুর ফাইল এক্সপ্লোরারের রুটে যান। সেখান থেকে /usr/lib/modeller9.11/modlib/modeller নামের ডাইরেক্টরীতে যান। সেখানে config.py নামের একটি ফাইল দেখতে পারবেন। সে ফাইলটি ওপেন করুন কোন টেক্সট এডিটর দিয়ে। দেখবেন একটি লাইন license = 'XXX'। 'XXX' এর জায়গায় লাইসেন্স কোডটি বসান। নতুন লাইনটি হবে license = 'MODELIRANJE'।
    ৭. এবার ফাইলটি সেভ করে নটিলাস বন্ধ করুন।
    ৮. এবার পাইথন আইডল চালু করে লিখুন 'import modeller'
    ৯. যদি কোন এরর না আসে, তাহলে বুঝবেন যে মডেলার ঠিকমতো ইন্সটল হয়েছে।
    ১০. এবার মডেলারে কাজ শেখার পালা। খুব চমৎকার মডেলার টিউটোরিয়াল পাওয়া যাবে এখানে http://salilab.org/modeller/tutorial/
    এডিটের তারিখ: ৫ মার্চ ২০১৩

    (view changes)
    6:04 am
  2. page Bio-Bio-1 HOW TOs edited Install Modeller in Ubuntu Configure Galaxy in Ubuntu How to Add Tools to Galaxy

    Install Modeller in Ubuntu
    Configure Galaxy in Ubuntu
    How to Add Tools to Galaxy
    (view changes)
    5:34 am

More